쑥부쟁이와 개쑥부쟁이의 꽃을보고 구별할 수 있다는것은 거의 불가능하다고 할 수가 있을것 같다.
꽃을 뒤집어 봤을때 개쑥부쟁이는 총포가 더벅머리처럼 길게 붙어 있는것을 알수도 있는데,
개쑥부쟁이가 쑥부쟁이보다 색도 선명하고 꽃잎도 많아 더 아름답다는 느낌도 든다는데,
식물 이름의 앞에 "개"자가 붙으면 기본종에 비하여 못한 경우가 대부분이지만
개쑥부쟁이만큼은 쑥부쟁이보다 더 아름답게 보인다는것이다.

국가생물종지식정보시스템에서는 쑥부쟁이가 전국에 분포하는 것으로 되어있지만,
아직까지 중부지방이나 북부지방에서는 자연적으로 자라는 쑥부쟁이가 발견되지 않고 있으며
수목원 등지에서만 볼 수 있다고 한다.

쑥부쟁이와 개쑥부쟁이의 잎을 자세히 살펴보면 쑥부쟁이는 잎이 부드럽고 털이 없으며 가장자리에 굵은 톱니가 있으며,
개쑥부쟁이는 잎의 양면이 거칠고 털이 있으며 잎의 가장자리에 톱니가 있으나 거의 밋밋하다는 것을 알 수가 있다고 한다.